Das Massenspektrum

Das Massenspektrum wird üblicherweise als Strichspektrum dargestellt, wobei die einzelnen Peaks jeweils auf ganzzahligen Massen aufgetragen werden. Den intensivsten Peak bezeichnet man als Basispeak, dessen Höhe wird willkürlich mit 100 angesetzt, alle anderen Peaks werden relativ dazu dargestellt. Dadurch erreicht man eine gut vergleichbare Darstellung der Spektren. Der Basispeak ist nur bei sehr stabilen Verbindungen (wie z. B. polyzyklische Aromaten) gleichzeitig auch der Molekülpeak. Verbindungen die weniger stabil sind, haben oft nur einen kleinen Molekülpeak, bei manchen Substanzklassen kann der Molekülpeak überhaupt fehlen.

Da die meisten natürlich vorkommenden Elemente aus einem Isotopengemisch bestehen, findet man neben jedem Fragmentpeak die jeweiligen Isotopenpeaks. Aus dem Intensitätsverhältnis der Isotopenpeaks kann man Rückschlüsse auf die Summenformel einer Verbindung ziehen. Wichtig für die organische Massenspektrometrie sind folgende Isotope: C-12 (98.9 %), C-13 (1.1 %), Br-79 (50.7 %), Br-81 (49.3 %), Cl-35 (75.8 %) und Cl-37 (24.2 %) und S-32 (95.0 %) und S-34 (4.2 %). Die Elemente Fluor und Phosphor sind monoisotop.

Neben den Isotopenpeaks gilt es noch eine Besonderheit bezüglich Wasserstoff zu berücksichtigen: Da der Wasserstoff einen hohen Massendefekt aufweist, weicht die Massenzahl von H-1 deutlich von der ganzzahligen Masse ab (1.0078 Dalton). Die vergleichsweise große Zahl an Wasserstoffatomen in organischen Molekülen, führt daher zu einer Verschiebung der Fragmente zu höheren Massen. Spezielle Korrekturen bei der Erfassung der Spektren sorgen aber dafür, dass die Massen immer bei der richtigen ganzzahligen Masse erscheinen.